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開始行:
[[Nucleosome and chromatin]]
[[MDS--Epigenetic regulator abnormalities in MDS]]
#br
&color(red){''エピジェネティクス（epigenetics）''};とは、...
epi(ep-)= 接頭辞：ギリシア語由来, upon, near to, in addit...
#br
*エピゲノム epigenome [#j45bc9a6]
#br
>DNA塩基配列そのものの変化を伴わず遺伝する、または細胞分...
>1) ''DNAのメチル化''~
>2) ''ヒストンの修飾'' ( メチル化, アセチル化, SUMO化, リ...
>3) ''クロマチンリモデリング因子''-->[[Chromatin remodeli...
>4) ''non-coding RNA''-->[[non-coding RNA]]のメチル化制御...
>細胞分裂の際に娘細胞に維持・伝達される遺伝情報を&color(r...
#ref(5-methylcytosin.gif,around,right, 35%)
&color(blue){''DNAのメチル化''};
>DNAメチル化には 生理的に認められるメチル化と変異原物質な...
>生理的に認められるメチル化の代表はシトシンのメチル化(5-...
>シトシンのメチル化は5'-CG-3'という塩基配列の部位(CpG部位...
>遺伝子のプロモーター領域がメチル化されると&color(blue){'...
5'-CpG-3'の2塩基配列中のシトシンメチル基修飾 --＞転写抑制...
-1)転写因子が認識配列内のメチル化により結合できなくなり結...
例えば、E2F, CREBやc-Mycといった転写因子は認識配列のメチ...
#br
-2)メチル化CpGを特異的に認識するタンパク; ''メチル化DNA結...
#br
-メチル化DNA結合タンパク質はヒストン脱アセチル化酵素複合...
>ゲノム全体の網羅的メチル化解析より転写が抑制された遺伝子...
-ゲノム全体で比較するとプロモーター領域よりも遺伝子間や遺...
#br
-遺伝子内領域がメチル化されている遺伝子は発現が高い傾向に...
>脊椎動物の細胞では&color(red){シトシンのメチル化};が遺伝...
#clear
#ref(hemimethylation.gif,around,right,75%)
>脊椎動物のDNAでは, DNAのメチル化(DNA methylation)は&colo...
>DNA鎖複製後は一時的に一方のDNA鎖のみがメチル化された状態...
>&color(blue){維持メチラーゼ(maintenance methyltranferase...
#clear
**ゲノム内特定領域のシトシンメチル化を一塩基から検出するB...
#ref(Bisulfate reaction.jpg,around,right,70%)
>DNA塩基のBisulfate試薬に対する感受性の違いを利用すること...
-Bisulfate処理により, ''シトシン(C)は脱アミノ化されて, ウ...
-一方, メチル化シトシンはBisulfate処理による脱アミノ化に...
-メチル化を調べたい目的の領域をPCRで増幅すると, &color(re...
-''シークエンスで決定された最終配列では''もとがシトシン(...
-SNPがある場合はこの一塩基多型をメチル化あるいは非メチル...
SNPによりCG-->TGとなっていると, Bisulfate反応産物のシーク...
#br
>脊椎動物の発生過程ではDNAメチル化パターンは動的であり, &...
この脱メチルは維持メチラーゼ活性が抑制されてDNA複製のたび...
>発生がすすむと塩基配列特異的DNA結合タンパクによりDNAにひ...
>DNAのメチル化の最も重要な役割は, ほかの遺伝子発現調節機...
***がんのCpG island methylator phenotype(CIMP) [#o2e0742c]
#ref(DNAmethylation.jpg,around,right,90%)
細胞内でepigenomeの「書き込み(Writer)」, 「消去(Eraser)」...
近年の大規模ながんゲノムシークエンス解析により, がん細胞...
大腸癌, 脳腫瘍 肺腺癌などではDNAメチル化が高頻度に集積し...
CIMP発生の原因は, メチル化シトシンをヒドロキシメチル化シ...
脳腫瘍 Glioma CIMP(G-CIMP)症例ではIDH(isocitrate dehydrog...
DNAメチル化は''DNAメチル基転移酵素(DNA methyltransferase;...
哺乳類では, 新たにDNAをメチル化する'''de novo'''型メチル...
#br
#clear
**ヒストンの修飾 [#g67e4373]
&color(blue){''ヒストンの修飾--アセチル化''};
>転写活性化と最もよく相関の確認されているヒストン修飾。p3...
>ヒストンのアセチル化はヒストン陽性荷電を中和し陰性電荷の...
ATP依存性クロマチンリモデリング因子や基本転写因子複合体の...
>転写コリプレッサー複合体にはヒストン脱アセチル化酵素(his...
''ヒストンの修飾--メチル化''
>ヒストン, H2A, H2B, H3, H4には、それぞれがヌクレオソーム...
>&ref(Histontail01.jpg,,90%); &ref(nucleosome0.jpg,,70...
>''ヒストンコードは遺伝子活性化に大きな役割をもつ。''
>H3の4番目リジン(アミノ酸の記号で, K)のトリメチル化（H3K4...
>''H3K27メチル化(H3K27me3)''
>H3K27トリメチル化は&color(blue){''転写抑制に関与する''};.~
ポリコーム蛋白(PcG)はショウジョウバエで発見され, HOX遺伝...
-細胞周期
-インプリンティング
-X染色体不活化
-細胞運命決定
-組織恒常性
-腫瘍形成
-幹細胞分化・発生制御 に深くかかわっている¬e{:Surface...
>''[[ポリコーム群(polycomb group: PcG)遺伝子>MDS--Epigene...
-PcGは2つの複合体, PRC1とPRC2に大別される; PRC(=Polycomb ...
-PRC2は触媒ドメイン&color(red){''EZH2, SUZ12(JJAZ1), EED...
-PRC1はメチル化H3K27を認識結合して, ヒストン2Aの119番目リ...
-ES細胞においては, PcGの標的である分化制御遺伝子群はH3K27...
**''EZH2 [enhancer of zeste homolog 2 (Drosophila)]'' loc...
>''EZH2'' --http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/2146~
enhancer of zeste 2 polycomb repressive complex 2 subunit...
Also known as WVS; ENX1; EZH1; KMT6; WVS2; ENX-1; EZH2b; ...
Location: 7q35-q36~
23 exons
>EZH2 は Polycomb Repressive Complexes 2/3 (PRC 2/3) の他...
>近年種々の癌において&color(red){H3K27me3の触媒酵素である...
-前立腺癌, 乳癌, 大腸癌, 皮膚癌, 肺癌などの固形癌ではEZH2...
#br
-濾胞性リンパ腫, DLBCLの10-20%においてはEZH2の不活性変異...
#br
-EZH2の発現異常と細胞癌化の詳細な分子機構解明がまたれる。
#ref(PRC2_02.jpg)
***myeloid malignanciesにおけるEZH2機能¬e{:Khan SN, et...
-骨髄性腫瘍において機能喪失変異や不完全発現など、種々の機...
-del7q/-7症例においてはhaploinsufficiencyにより、またEZH2...
-Spliceosome genes, 中でも, U2AF1, SF3B1, SRSF2の変異はMD...
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[[Nucleosome and chromatin]]
[[MDS--Epigenetic regulator abnormalities in MDS]]
#br
&color(red){''エピジェネティクス（epigenetics）''};とは、...
epi(ep-)= 接頭辞：ギリシア語由来, upon, near to, in addit...
#br
*エピゲノム epigenome [#j45bc9a6]
#br
>DNA塩基配列そのものの変化を伴わず遺伝する、または細胞分...
>1) ''DNAのメチル化''~
>2) ''ヒストンの修飾'' ( メチル化, アセチル化, SUMO化, リ...
>3) ''クロマチンリモデリング因子''-->[[Chromatin remodeli...
>4) ''non-coding RNA''-->[[non-coding RNA]]のメチル化制御...
>細胞分裂の際に娘細胞に維持・伝達される遺伝情報を&color(r...
#ref(5-methylcytosin.gif,around,right, 35%)
&color(blue){''DNAのメチル化''};
>DNAメチル化には 生理的に認められるメチル化と変異原物質な...
>生理的に認められるメチル化の代表はシトシンのメチル化(5-...
>シトシンのメチル化は5'-CG-3'という塩基配列の部位(CpG部位...
>遺伝子のプロモーター領域がメチル化されると&color(blue){'...
5'-CpG-3'の2塩基配列中のシトシンメチル基修飾 --＞転写抑制...
-1)転写因子が認識配列内のメチル化により結合できなくなり結...
例えば、E2F, CREBやc-Mycといった転写因子は認識配列のメチ...
#br
-2)メチル化CpGを特異的に認識するタンパク; ''メチル化DNA結...
#br
-メチル化DNA結合タンパク質はヒストン脱アセチル化酵素複合...
>ゲノム全体の網羅的メチル化解析より転写が抑制された遺伝子...
-ゲノム全体で比較するとプロモーター領域よりも遺伝子間や遺...
#br
-遺伝子内領域がメチル化されている遺伝子は発現が高い傾向に...
>脊椎動物の細胞では&color(red){シトシンのメチル化};が遺伝...
#clear
#ref(hemimethylation.gif,around,right,75%)
>脊椎動物のDNAでは, DNAのメチル化(DNA methylation)は&colo...
>DNA鎖複製後は一時的に一方のDNA鎖のみがメチル化された状態...
>&color(blue){維持メチラーゼ(maintenance methyltranferase...
#clear
**ゲノム内特定領域のシトシンメチル化を一塩基から検出するB...
#ref(Bisulfate reaction.jpg,around,right,70%)
>DNA塩基のBisulfate試薬に対する感受性の違いを利用すること...
-Bisulfate処理により, ''シトシン(C)は脱アミノ化されて, ウ...
-一方, メチル化シトシンはBisulfate処理による脱アミノ化に...
-メチル化を調べたい目的の領域をPCRで増幅すると, &color(re...
-''シークエンスで決定された最終配列では''もとがシトシン(...
-SNPがある場合はこの一塩基多型をメチル化あるいは非メチル...
SNPによりCG-->TGとなっていると, Bisulfate反応産物のシーク...
#br
>脊椎動物の発生過程ではDNAメチル化パターンは動的であり, &...
この脱メチルは維持メチラーゼ活性が抑制されてDNA複製のたび...
>発生がすすむと塩基配列特異的DNA結合タンパクによりDNAにひ...
>DNAのメチル化の最も重要な役割は, ほかの遺伝子発現調節機...
***がんのCpG island methylator phenotype(CIMP) [#o2e0742c]
#ref(DNAmethylation.jpg,around,right,90%)
細胞内でepigenomeの「書き込み(Writer)」, 「消去(Eraser)」...
近年の大規模ながんゲノムシークエンス解析により, がん細胞...
大腸癌, 脳腫瘍 肺腺癌などではDNAメチル化が高頻度に集積し...
CIMP発生の原因は, メチル化シトシンをヒドロキシメチル化シ...
脳腫瘍 Glioma CIMP(G-CIMP)症例ではIDH(isocitrate dehydrog...
DNAメチル化は''DNAメチル基転移酵素(DNA methyltransferase;...
哺乳類では, 新たにDNAをメチル化する'''de novo'''型メチル...
#br
#clear
**ヒストンの修飾 [#g67e4373]
&color(blue){''ヒストンの修飾--アセチル化''};
>転写活性化と最もよく相関の確認されているヒストン修飾。p3...
>ヒストンのアセチル化はヒストン陽性荷電を中和し陰性電荷の...
ATP依存性クロマチンリモデリング因子や基本転写因子複合体の...
>転写コリプレッサー複合体にはヒストン脱アセチル化酵素(his...
''ヒストンの修飾--メチル化''
>ヒストン, H2A, H2B, H3, H4には、それぞれがヌクレオソーム...
>&ref(Histontail01.jpg,,90%); &ref(nucleosome0.jpg,,70...
>''ヒストンコードは遺伝子活性化に大きな役割をもつ。''
>H3の4番目リジン(アミノ酸の記号で, K)のトリメチル化（H3K4...
>''H3K27メチル化(H3K27me3)''
>H3K27トリメチル化は&color(blue){''転写抑制に関与する''};.~
ポリコーム蛋白(PcG)はショウジョウバエで発見され, HOX遺伝...
-細胞周期
-インプリンティング
-X染色体不活化
-細胞運命決定
-組織恒常性
-腫瘍形成
-幹細胞分化・発生制御 に深くかかわっている¬e{:Surface...
>''[[ポリコーム群(polycomb group: PcG)遺伝子>MDS--Epigene...
-PcGは2つの複合体, PRC1とPRC2に大別される; PRC(=Polycomb ...
-PRC2は触媒ドメイン&color(red){''EZH2, SUZ12(JJAZ1), EED...
-PRC1はメチル化H3K27を認識結合して, ヒストン2Aの119番目リ...
-ES細胞においては, PcGの標的である分化制御遺伝子群はH3K27...
**''EZH2 [enhancer of zeste homolog 2 (Drosophila)]'' loc...
>''EZH2'' --http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/2146~
enhancer of zeste 2 polycomb repressive complex 2 subunit...
Also known as WVS; ENX1; EZH1; KMT6; WVS2; ENX-1; EZH2b; ...
Location: 7q35-q36~
23 exons
>EZH2 は Polycomb Repressive Complexes 2/3 (PRC 2/3) の他...
>近年種々の癌において&color(red){H3K27me3の触媒酵素である...
-前立腺癌, 乳癌, 大腸癌, 皮膚癌, 肺癌などの固形癌ではEZH2...
#br
-濾胞性リンパ腫, DLBCLの10-20%においてはEZH2の不活性変異...
#br
-EZH2の発現異常と細胞癌化の詳細な分子機構解明がまたれる。
#ref(PRC2_02.jpg)
***myeloid malignanciesにおけるEZH2機能¬e{:Khan SN, et...
-骨髄性腫瘍において機能喪失変異や不完全発現など、種々の機...
-del7q/-7症例においてはhaploinsufficiencyにより、またEZH2...
-Spliceosome genes, 中でも, U2AF1, SF3B1, SRSF2の変異はMD...
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