MDSの遺伝子異常-pre-mRNA splicing abnormalities
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開始行:
[[Splicing abnormalities]]
[[血液腫瘍病理学]]
[[Splicing abnormalities]]
*MDS：pre-mRNAスプライシングに関わる一群の遺伝子の異常 [#...
#br
最近, 全エクソームシークエンス解析により, MDSほか関連する...
#ref(splicingfactor01.jpg,around,right)
#br
#br
1. '''''SF3B1'''''~
Papaenmmanuilら¬e{:Papaemmanuil E, et al., Somatic SF3...
2. '''''U2AF35, SRSF2, ZRSR2, SF3A1, PRPF40B''''', および...
Yoshida¬e{:Yoshida K, et al., Frequent pathway mutatio...
de novo AML(6.6%), MPNs(9.4%)では相対的に低頻度であった。
3. &color(red){変異'''SRSF2'''};をもつMDSはwild type '''S...
-'''SRSF2'''は, スプライシング調節因子[[SRタンパク質>#ra5...
#clear
**RNAスプライシング Splicing [#f0b547e5]
真核生物の遺伝子タンパク質コード領域は, 通常''タンパク質...
コード領域は, 発現される配列= expressed sequence; ''エク...
-本来エクソン, イントロンという言葉は遺伝子DNA上の領域を...
-これまでに調べられてたmRNAをコードする遺伝子には0から362...
-イントロンとエクソンはともにRNAに転写される。&color(red)...
-スプライシング反応1回につきイントロンが1個除去される。実...
-核内pre-mRNAのスプライシングにおける中間体は分岐していて...
-スプライシング第一段階では「投げ縄型中間体」が形成される...
-第二段階では最初のエクソン端末に残る3'ヒドロキシ基が二番...
''イントロンの構造: スプライシングのおこる位置は塩基配列...
>基本的なpre-mRNA スプライシング(イントロン除去)にはイン...
#ref(splice01.jpg,,85%)
-5'スプライス部位と3'スプライス部位は別名ドナーサイト、ア...
-これら3つの部位は、それぞれ周辺に特徴的なある程度共通し...
-核イントロンには3', 5'末端にあるスプライス部位のコンセン...
-エクソン境界にあるスプライシングシグナルとイントロン末端...
-しかし, 本物のエクソンにはスプライシングを促進する&color...
***''スプライソーム''と''スプライシング反応過程'' [#s0c79...
pre-mRNAの''スプライシング装置''は非常に複雑で&color(red)...
-スプライシングは''スプライソソームsplisosome''と呼ばれる...
-snRNPは&color(red){核内低分子RNA(small nuclear RNA, snRN...
-snRNAは真核生物に独特のものでサイズは100-200ヌクレオチド...
-snRNAとタンパク質の両者のスプライシング因子がイントロン...
-ただし''スプライス因子のタンパク質には酵素活性はなく'', ...
#br
#ref(splicecycle.jpg,around,85%)
''スプライスサイクル Splicecycle(snRNAの動きに注目した解...
>１．まず転写されたmRNA前駆体上の5'スプライス部位に&color...
>２．これらに含まれるU1 snRNAおよびU2 snRNAはpre-mRNAに一...
>３．さらに&color(#7d26cd){U4U5U6 snRNP};が会合し、U1 snR...
>４．この状態では、U6 snRNPは分岐点のU2 snRNPと5'スプライ...
>５．U5 snRNPは下流のエクソンにも結合するようになり、両エ...
>６．次に、3’スプライス部位の切断とエクソン同士の結合が起...
>７．放出された投げ縄状イントロンは分岐が外され（デブラン...
>上記はGT-AG型イントロンの場合であるが、AT-AC型イントロン...
-U1snRNAとpre-mRNAの5'スプライス部位との間の塩基対形成は...
-U6snRNPはU6snRNAを介して塩基対を形成することによりイント...
-U2snRNAはスプライシング分岐点の保存配列と塩基対を形成す...
-U5snRNAは, あるエクソンの最後のヌクレオチドおよび次のエ...
-U4はU6と塩基対を形成する。U4の役割はスプライシング反応に...
#clear
#ref(spliceosomecycle.jpg,around,right,50%)
''MDSで遺伝子変異のみられるスプライシング因子''
-U1 snRNP複合体(complex)により5'スプライス部位が認識され...
-さらに3'スプライス部位では&color(green){U2AFヘテロダイマ...
-&color(red){SRSF1, SRSF2は1個以上のSerin-Arginine-richド...
-polypyrimidine鎖の5'上流側に分岐点シークエンスがある。こ...
-いったんsplicing E complexが形成されるとU2 snRNP複合体が...
''MDSで変異のみられるスプライシング因子のほとんどがsplici...
U2AF(U2 auxiliary factor)35/65，SRSF2, ZRSR2, SF3B1, SF3A1
>pre-mRNAはsplicingに必須のよく保存された配列をintron, ex...
5'splicing site(SS), 3' splicing site(SS); intronを決定す...
branching site (BS), polypyrimidine tract (PPT), exon spl...
#ref(mutationHindo.jpg,,80%)
>''MDSにおけるスプライシング因子遺伝子変異の頻度''につい...
***スプライシングを調節するタンパク質因子 [#ra5568a8]
PDF:ヒトスプライシング調節タンパク質の構造---> &ref(PDF01...
''SRタンパク質''
セリン・アルギニン(SR)の繰り返し配列が特徴的な一群の''RNA...
どのタンパク質もN末端に1ないし2個のRNA結合ドメイン(RNA bi...
RBDはRNAの結合に, SRdomainはタンパク質間相互作用に関与し...
一部のSRタンパク質は恒常的スプライシングに必須な因子であ...
SRタンパク質のもう一つの重要な機能はESEに結合し, スプライ...
SRタンパク質はESEに結合すると, 上流の3'スプライス部位に結...
SRタンパク質は重複した機能が多いものの, 異なったmRNA前駆...
#br
''heterogenous nuclear ribonucleoprotein (hnRNP)''
転写後にRNAプロセッシングを受ける前の核内に存在する不均一...
hnRNP中にはさまざまな種類のRNA結合ドメインが見いだされて...
hnRNPタンパク質は, 転写やRNA プロセッシング, RNAの輸送や...
hnRNP A/Bタンパク質はスプライシングでの役割が最もよく解析...
終了行:
[[Splicing abnormalities]]
[[血液腫瘍病理学]]
[[Splicing abnormalities]]
*MDS：pre-mRNAスプライシングに関わる一群の遺伝子の異常 [#...
#br
最近, 全エクソームシークエンス解析により, MDSほか関連する...
#ref(splicingfactor01.jpg,around,right)
#br
#br
1. '''''SF3B1'''''~
Papaenmmanuilら¬e{:Papaemmanuil E, et al., Somatic SF3...
2. '''''U2AF35, SRSF2, ZRSR2, SF3A1, PRPF40B''''', および...
Yoshida¬e{:Yoshida K, et al., Frequent pathway mutatio...
de novo AML(6.6%), MPNs(9.4%)では相対的に低頻度であった。
3. &color(red){変異'''SRSF2'''};をもつMDSはwild type '''S...
-'''SRSF2'''は, スプライシング調節因子[[SRタンパク質>#ra5...
#clear
**RNAスプライシング Splicing [#f0b547e5]
真核生物の遺伝子タンパク質コード領域は, 通常''タンパク質...
コード領域は, 発現される配列= expressed sequence; ''エク...
-本来エクソン, イントロンという言葉は遺伝子DNA上の領域を...
-これまでに調べられてたmRNAをコードする遺伝子には0から362...
-イントロンとエクソンはともにRNAに転写される。&color(red)...
-スプライシング反応1回につきイントロンが1個除去される。実...
-核内pre-mRNAのスプライシングにおける中間体は分岐していて...
-スプライシング第一段階では「投げ縄型中間体」が形成される...
-第二段階では最初のエクソン端末に残る3'ヒドロキシ基が二番...
''イントロンの構造: スプライシングのおこる位置は塩基配列...
>基本的なpre-mRNA スプライシング(イントロン除去)にはイン...
#ref(splice01.jpg,,85%)
-5'スプライス部位と3'スプライス部位は別名ドナーサイト、ア...
-これら3つの部位は、それぞれ周辺に特徴的なある程度共通し...
-核イントロンには3', 5'末端にあるスプライス部位のコンセン...
-エクソン境界にあるスプライシングシグナルとイントロン末端...
-しかし, 本物のエクソンにはスプライシングを促進する&color...
***''スプライソーム''と''スプライシング反応過程'' [#s0c79...
pre-mRNAの''スプライシング装置''は非常に複雑で&color(red)...
-スプライシングは''スプライソソームsplisosome''と呼ばれる...
-snRNPは&color(red){核内低分子RNA(small nuclear RNA, snRN...
-snRNAは真核生物に独特のものでサイズは100-200ヌクレオチド...
-snRNAとタンパク質の両者のスプライシング因子がイントロン...
-ただし''スプライス因子のタンパク質には酵素活性はなく'', ...
#br
#ref(splicecycle.jpg,around,85%)
''スプライスサイクル Splicecycle(snRNAの動きに注目した解...
>１．まず転写されたmRNA前駆体上の5'スプライス部位に&color...
>２．これらに含まれるU1 snRNAおよびU2 snRNAはpre-mRNAに一...
>３．さらに&color(#7d26cd){U4U5U6 snRNP};が会合し、U1 snR...
>４．この状態では、U6 snRNPは分岐点のU2 snRNPと5'スプライ...
>５．U5 snRNPは下流のエクソンにも結合するようになり、両エ...
>６．次に、3’スプライス部位の切断とエクソン同士の結合が起...
>７．放出された投げ縄状イントロンは分岐が外され（デブラン...
>上記はGT-AG型イントロンの場合であるが、AT-AC型イントロン...
-U1snRNAとpre-mRNAの5'スプライス部位との間の塩基対形成は...
-U6snRNPはU6snRNAを介して塩基対を形成することによりイント...
-U2snRNAはスプライシング分岐点の保存配列と塩基対を形成す...
-U5snRNAは, あるエクソンの最後のヌクレオチドおよび次のエ...
-U4はU6と塩基対を形成する。U4の役割はスプライシング反応に...
#clear
#ref(spliceosomecycle.jpg,around,right,50%)
''MDSで遺伝子変異のみられるスプライシング因子''
-U1 snRNP複合体(complex)により5'スプライス部位が認識され...
-さらに3'スプライス部位では&color(green){U2AFヘテロダイマ...
-&color(red){SRSF1, SRSF2は1個以上のSerin-Arginine-richド...
-polypyrimidine鎖の5'上流側に分岐点シークエンスがある。こ...
-いったんsplicing E complexが形成されるとU2 snRNP複合体が...
''MDSで変異のみられるスプライシング因子のほとんどがsplici...
U2AF(U2 auxiliary factor)35/65，SRSF2, ZRSR2, SF3B1, SF3A1
>pre-mRNAはsplicingに必須のよく保存された配列をintron, ex...
5'splicing site(SS), 3' splicing site(SS); intronを決定す...
branching site (BS), polypyrimidine tract (PPT), exon spl...
#ref(mutationHindo.jpg,,80%)
>''MDSにおけるスプライシング因子遺伝子変異の頻度''につい...
***スプライシングを調節するタンパク質因子 [#ra5568a8]
PDF:ヒトスプライシング調節タンパク質の構造---> &ref(PDF01...
''SRタンパク質''
セリン・アルギニン(SR)の繰り返し配列が特徴的な一群の''RNA...
どのタンパク質もN末端に1ないし2個のRNA結合ドメイン(RNA bi...
RBDはRNAの結合に, SRdomainはタンパク質間相互作用に関与し...
一部のSRタンパク質は恒常的スプライシングに必須な因子であ...
SRタンパク質のもう一つの重要な機能はESEに結合し, スプライ...
SRタンパク質はESEに結合すると, 上流の3'スプライス部位に結...
SRタンパク質は重複した機能が多いものの, 異なったmRNA前駆...
#br
''heterogenous nuclear ribonucleoprotein (hnRNP)''
転写後にRNAプロセッシングを受ける前の核内に存在する不均一...
hnRNP中にはさまざまな種類のRNA結合ドメインが見いだされて...
hnRNPタンパク質は, 転写やRNA プロセッシング, RNAの輸送や...
hnRNP A/Bタンパク質はスプライシングでの役割が最もよく解析...
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