MPL and CALR gene mutation in patients with Myeloproliferative neoplasm
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関連ページ---[[MPL proto-oncogene, thrombopoietin recepto...
関連ページ---[[Essential thrombocythemia]]
page名改新. 06Mar 2017
*MPL mutation in patients with MPN [#q20e3e2e]
''MPL：[[myeloproliferative leukemia virus oncogene:http:...
Gene ID: 4352, Official Symbol: MPL provided by HGNC~
Also known as MPLV; TPOR; C-MPL; ''CD110''; THCYT2~
OMIM http://omim.org/entry/159530
1990年, 異なる系統の骨髄造血細胞を不死化する能力のあるマ...
シークエンスデータより, c-mplは造血受容体スーパーファミリ...
''c-mplのリガンドである''&color(blue){''トロンボポイエチ...
&color(red){''c-mpl遺伝子がエンコードするタンパク質, トロ...
-血小板を産生する巨核球の分化・増殖作用を有するトロンボポ...
-TPO-R 欠損マウスは''重症血小板減少''をきたし, CD110とト...
-またTPORは、造血幹細胞（赤血球、白血球、巨核球などに分化...
-この受容体は&color(#e2041b){トロンボポエチンが結合するこ...
-なお、c-mpl遺伝子の選択的スプライシングにより、c-MPL-P（...
**''MPNに認められるMPL gene mutation'' [#kc8879d2]
#br
#ref(c-mpl.jpg,around,right,90%)
近年, MNPの症例にthrombopoietin receptor(MPL)geneの新たな...
&color(red){''MPL W515LおよびW515K''};(前者の頻度がより高...
MPL mutation検出のPCR primer ¬e{Xu:Xu W, et al., MPL W...
A) ''5' CCTGCTGCTGCTGAGGT&color(red){''T''};GC 3''' : All...
B) ''5' AGTAGGGGCTGGCTGGAT 3''': outer, forward primer (i...
C) ''5' CTAGTCGCCGAGGTGAGC 3''': reverse primer (intron 1...
94℃ 30sec, 65℃ 30sec, 72℃ 60sec x 35 cycles
wild-type 409bp productがouter pairにより形成、mutantは29...
文献¬e{:Beer PA. et al., MPL mutations in myeloprolife...
''関連ページ''
>
[[MPL proto-oncogene, thrombopoietin receptor (MPL)]]
>
[[Essential thromobocythemia]]
**''JAK2, MPLの異常がみられないMPNにおけるエピジェネティ...
&color(blue){''TET2 and ASXL1''}; pathogenic mutations ar...
*CARL exon9 の欠失挿入変異：JAK2, MPL変異のないMPNに認め...
''CALR''：[[calreticulin:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene...
also known as: RO; CRT; SSA; cC1qR; HEL-S-99n~
Location: 19q13.3-p13.2, 9 exons~
OMIM myelofibrosis http://omim.org/entry/254450 thrombocy...
carleticulin(CALR) http://omim.org/entry/109091
#br
#ref(CALRmut-ET-PMF.jpg,around,right,80%)
''essential thrombocytemia(ET), myelofibrosis (MF)''ではJ...
両方の変異が認められない30-45%の症例には特異な遺伝子異常...
JAK, MPL変異のないMF 6例にwhole exome sequencingを行い全...
-1107例のMPNを調査。&color(red){''polycytemia vela (PV)に...
#br
-36種類の挿入, 欠失パターンすべてが, 同じ変異reding frame...
-このC-terminusタンパク質をターゲットとする[[''CALR変異タ...
#br
-CALRの最も多い欠失変異はin vitroで''cytokineに依存しない...
#br
-&color(red){CALR変異症例はJAK2変異症例に比べ血栓症はすく...
#br
-すべてのCALR変異は&color(red){CALR遺伝子exon9に集中し一...
#br
-マクロファージが介在する免疫回避, 小胞体ストレス反応(unf...
#clear
#ref(CALRmutationJPG.jpg,around,right,80%)
CALR(calreticulin)は高度に保存された, 多機能な''endoplasm...
ERの外では, 細胞質と膜表面に存在し, インテグリンが仲介す...
CALRは''特異な機能をもつ３つのドメインより構成される''。&...
>シャペロン（chaperone）とは、他のタンパク質分子が正しい...
一方&color(blue){''Cドメイン''};は主として''endoplasmic r...
さらにCドメインは&color(red){''KDELタンパクシークエンス''...
#clear
#ref(MF-PMFmutation01.jpg,around,75%)
primary myelofibrosis(PMF), essential thrombosis(ET)のgen...
フィラデルフィア染色体陰性のMPN（ETとPMF）で最多の遺伝学...
MPL遺伝子異常はさらに4-10%のETとPMF症例に認められる。CALR...
と記載したら、calreticulin mutationを示す, JAK2V617F(-), ...
このようにCALR変異はET, PMFの診断に重要な分子マーカであり...
ETにおいては, CALR変異の予後に与える影響はまだ確定してい...
CALR変異はET,PMFのほかRARS-Tにも低頻度に認められている. (...
#clear
#br
#br
#ref(DiagnosisET-PMF.jpg,around,right,80%)
***JAK2V617FのPCRによるスクリーニング [#r67a8e8e]
>JAK2V617F allele-specific PCR¬e{:Baxter E et al., Acq...
--Fsp(allele-specific forward primer):5'AGCATTTGGTTTTAAAT...
--Fic(internal control forward primer):5'ATCTATAGTCATGCTG...
--R(reverse primer): 5'CTGAATAGTCCTACAGTGTTTTCAGTTTCA 3'
>95℃ Xmin(Hot start Taqの活性化で, Taqにより異なる)
>94℃ 30sec~
58℃ 30sec~
72℃ 45sec 35cycles
>72℃ 5min - 4℃ soak
#clear
***MPLW515L変異のPCRによるスクリーニング [#wefe101b]
>MPL-W515L allele-specific PCR primer¬e{Xu:Xu W et al....
>MPL specific primer(AS-PCR forward primer): 5'CCTGCTGCTG...
--MPL intron f primer: 5'AGTAGGGGCTGGCTGGAT 3'
--MPL intron r primer: 5'CTAGTCGCCGAGGTGAGC 3'
>internal control 409bp, mutant band 279bp. 2つのforward ...
>94℃ 30sec~
65℃ 30sec~
72℃ 1 min x 35cycle
***CALR exon9 mutation のPCR, sanger sequencing [#x99194f1]
#ref(CALR-protein-structure.jpg,around,right,100%)
>CALR exon9 sequencing primer¬e{Nangalia:Nangalia J., ...
--exon9f: 5'ACAACTTCCTCATCACCAACG 3'
--exon9r: 5'GGCCTCAGTCCAGCCCTG
>''touch down PCR''~
1. 95℃ X minでTaqを活性化
>2. 94℃ 30 sec, 67℃ 30 sec (-1.0℃/cycle), 72℃ 30 sec x 1...
>3. 94℃ 30 sec, 57℃ 30 sec, 72℃ 30 sec x 29 cycle
>4. 72℃ 10 min, 4℃ soak
>CALR exon9 mutation--> ''high-resolution melting analysi...
***'''CALR'''と'''MPL''' [#f8afaa67]
'''''CALR'''''遺伝子変異は50種類以上同定されている.すべて...
#ref(CALR-bind-to-cMPL.jpg,around,right,100%)
''Araki M, et al. Activation of the thrombopoietin recept...
CALRのNドメインがないとC-MPLへの結合はなくなる。Nドメイン...
1) c-MPLへ変異CALRが結合するにはfull length, すべてのパー...
2) PドメインはNドメインへのc-MPL結合に抑制的に働いている...
3) 変異CALRでは, あらたにできたC末端側, 陽性荷電チャージ...
CALRはerythropoietin receptorと結合するが(Araki M, et al....
-BloodにCALR変異をもつPVの報告が1例ある¬e{:Broseus J e...
//--CALR変異はマクロファージによる貪食を回避するようにな...
//--MPNでは, CALR変異はER retention sequenceであるKDELを...
//-CALR変異は小胞体ストレス反応(UPR)を妨害し, 競合的な成...
//--UPRの摂動perturbationは, 実際にヒトのがんに関与してい...
//--変異はCALRタンパクのERでのシャペロン機能を害し, 恒常...
//>perturbation~
//天文学の用語で、ある天体とその母天体（例えば恒星と惑星...
//-変異CALRはJAK2V617Fと同様に, 異常シグナル伝達因子とし...
*** ALL CALR mutationに対する抗体 [#cc3f4153]
川崎医科大学 藤原英世先生からご教示いただきました(2019/3...
''dianova社 Mouse monoclonal antibody(CAL2) Against All C...
変異CALR C-neoterminusへの抗体.
-川崎医科大学附属病院での検討では、希釈倍率20倍、pH6で20...
-希釈倍率が高くないため, すぐに抗体を消費してしまう.
-巨核球の細胞質および一部の顆粒球の細胞質のみ、しかも変異...
陽性にならない
-controlでの評価がなかなかできないのが問題点. 過去に出て...
-ごく少数ですが、偽陰性症例あり. (順天堂大の荒木先生が自...
-実際に所見を記載する場合、藤原先生は, &color(crimson){''...
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Gene ID: 4352, Official Symbol: MPL provided by HGNC~
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1990年, 異なる系統の骨髄造血細胞を不死化する能力のあるマ...
シークエンスデータより, c-mplは造血受容体スーパーファミリ...
''c-mplのリガンドである''&color(blue){''トロンボポイエチ...
&color(red){''c-mpl遺伝子がエンコードするタンパク質, トロ...
-血小板を産生する巨核球の分化・増殖作用を有するトロンボポ...
-TPO-R 欠損マウスは''重症血小板減少''をきたし, CD110とト...
-またTPORは、造血幹細胞（赤血球、白血球、巨核球などに分化...
-この受容体は&color(#e2041b){トロンボポエチンが結合するこ...
-なお、c-mpl遺伝子の選択的スプライシングにより、c-MPL-P（...
**''MPNに認められるMPL gene mutation'' [#kc8879d2]
#br
#ref(c-mpl.jpg,around,right,90%)
近年, MNPの症例にthrombopoietin receptor(MPL)geneの新たな...
&color(red){''MPL W515LおよびW515K''};(前者の頻度がより高...
MPL mutation検出のPCR primer ¬e{Xu:Xu W, et al., MPL W...
A) ''5' CCTGCTGCTGCTGAGGT&color(red){''T''};GC 3''' : All...
B) ''5' AGTAGGGGCTGGCTGGAT 3''': outer, forward primer (i...
C) ''5' CTAGTCGCCGAGGTGAGC 3''': reverse primer (intron 1...
94℃ 30sec, 65℃ 30sec, 72℃ 60sec x 35 cycles
wild-type 409bp productがouter pairにより形成、mutantは29...
文献¬e{:Beer PA. et al., MPL mutations in myeloprolife...
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[[Essential thromobocythemia]]
**''JAK2, MPLの異常がみられないMPNにおけるエピジェネティ...
&color(blue){''TET2 and ASXL1''}; pathogenic mutations ar...
*CARL exon9 の欠失挿入変異：JAK2, MPL変異のないMPNに認め...
''CALR''：[[calreticulin:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene...
also known as: RO; CRT; SSA; cC1qR; HEL-S-99n~
Location: 19q13.3-p13.2, 9 exons~
OMIM myelofibrosis http://omim.org/entry/254450 thrombocy...
carleticulin(CALR) http://omim.org/entry/109091
#br
#ref(CALRmut-ET-PMF.jpg,around,right,80%)
''essential thrombocytemia(ET), myelofibrosis (MF)''ではJ...
両方の変異が認められない30-45%の症例には特異な遺伝子異常...
JAK, MPL変異のないMF 6例にwhole exome sequencingを行い全...
-1107例のMPNを調査。&color(red){''polycytemia vela (PV)に...
#br
-36種類の挿入, 欠失パターンすべてが, 同じ変異reding frame...
-このC-terminusタンパク質をターゲットとする[[''CALR変異タ...
#br
-CALRの最も多い欠失変異はin vitroで''cytokineに依存しない...
#br
-&color(red){CALR変異症例はJAK2変異症例に比べ血栓症はすく...
#br
-すべてのCALR変異は&color(red){CALR遺伝子exon9に集中し一...
#br
-マクロファージが介在する免疫回避, 小胞体ストレス反応(unf...
#clear
#ref(CALRmutationJPG.jpg,around,right,80%)
CALR(calreticulin)は高度に保存された, 多機能な''endoplasm...
ERの外では, 細胞質と膜表面に存在し, インテグリンが仲介す...
CALRは''特異な機能をもつ３つのドメインより構成される''。&...
>シャペロン（chaperone）とは、他のタンパク質分子が正しい...
一方&color(blue){''Cドメイン''};は主として''endoplasmic r...
さらにCドメインは&color(red){''KDELタンパクシークエンス''...
#clear
#ref(MF-PMFmutation01.jpg,around,75%)
primary myelofibrosis(PMF), essential thrombosis(ET)のgen...
フィラデルフィア染色体陰性のMPN（ETとPMF）で最多の遺伝学...
MPL遺伝子異常はさらに4-10%のETとPMF症例に認められる。CALR...
と記載したら、calreticulin mutationを示す, JAK2V617F(-), ...
このようにCALR変異はET, PMFの診断に重要な分子マーカであり...
ETにおいては, CALR変異の予後に与える影響はまだ確定してい...
CALR変異はET,PMFのほかRARS-Tにも低頻度に認められている. (...
#clear
#br
#br
#ref(DiagnosisET-PMF.jpg,around,right,80%)
***JAK2V617FのPCRによるスクリーニング [#r67a8e8e]
>JAK2V617F allele-specific PCR¬e{:Baxter E et al., Acq...
--Fsp(allele-specific forward primer):5'AGCATTTGGTTTTAAAT...
--Fic(internal control forward primer):5'ATCTATAGTCATGCTG...
--R(reverse primer): 5'CTGAATAGTCCTACAGTGTTTTCAGTTTCA 3'
>95℃ Xmin(Hot start Taqの活性化で, Taqにより異なる)
>94℃ 30sec~
58℃ 30sec~
72℃ 45sec 35cycles
>72℃ 5min - 4℃ soak
#clear
***MPLW515L変異のPCRによるスクリーニング [#wefe101b]
>MPL-W515L allele-specific PCR primer¬e{Xu:Xu W et al....
>MPL specific primer(AS-PCR forward primer): 5'CCTGCTGCTG...
--MPL intron f primer: 5'AGTAGGGGCTGGCTGGAT 3'
--MPL intron r primer: 5'CTAGTCGCCGAGGTGAGC 3'
>internal control 409bp, mutant band 279bp. 2つのforward ...
>94℃ 30sec~
65℃ 30sec~
72℃ 1 min x 35cycle
***CALR exon9 mutation のPCR, sanger sequencing [#x99194f1]
#ref(CALR-protein-structure.jpg,around,right,100%)
>CALR exon9 sequencing primer¬e{Nangalia:Nangalia J., ...
--exon9f: 5'ACAACTTCCTCATCACCAACG 3'
--exon9r: 5'GGCCTCAGTCCAGCCCTG
>''touch down PCR''~
1. 95℃ X minでTaqを活性化
>2. 94℃ 30 sec, 67℃ 30 sec (-1.0℃/cycle), 72℃ 30 sec x 1...
>3. 94℃ 30 sec, 57℃ 30 sec, 72℃ 30 sec x 29 cycle
>4. 72℃ 10 min, 4℃ soak
>CALR exon9 mutation--> ''high-resolution melting analysi...
***'''CALR'''と'''MPL''' [#f8afaa67]
'''''CALR'''''遺伝子変異は50種類以上同定されている.すべて...
#ref(CALR-bind-to-cMPL.jpg,around,right,100%)
''Araki M, et al. Activation of the thrombopoietin recept...
CALRのNドメインがないとC-MPLへの結合はなくなる。Nドメイン...
1) c-MPLへ変異CALRが結合するにはfull length, すべてのパー...
2) PドメインはNドメインへのc-MPL結合に抑制的に働いている...
3) 変異CALRでは, あらたにできたC末端側, 陽性荷電チャージ...
CALRはerythropoietin receptorと結合するが(Araki M, et al....
-BloodにCALR変異をもつPVの報告が1例ある¬e{:Broseus J e...
//--CALR変異はマクロファージによる貪食を回避するようにな...
//--MPNでは, CALR変異はER retention sequenceであるKDELを...
//-CALR変異は小胞体ストレス反応(UPR)を妨害し, 競合的な成...
//--UPRの摂動perturbationは, 実際にヒトのがんに関与してい...
//--変異はCALRタンパクのERでのシャペロン機能を害し, 恒常...
//>perturbation~
//天文学の用語で、ある天体とその母天体（例えば恒星と惑星...
//-変異CALRはJAK2V617Fと同様に, 異常シグナル伝達因子とし...
*** ALL CALR mutationに対する抗体 [#cc3f4153]
川崎医科大学 藤原英世先生からご教示いただきました(2019/3...
''dianova社 Mouse monoclonal antibody(CAL2) Against All C...
変異CALR C-neoterminusへの抗体.
-川崎医科大学附属病院での検討では、希釈倍率20倍、pH6で20...
-希釈倍率が高くないため, すぐに抗体を消費してしまう.
-巨核球の細胞質および一部の顆粒球の細胞質のみ、しかも変異...
陽性にならない
-controlでの評価がなかなかできないのが問題点. 過去に出て...
-ごく少数ですが、偽陰性症例あり. (順天堂大の荒木先生が自...
-実際に所見を記載する場合、藤原先生は, &color(crimson){''...
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